El año 2013 ha estado marcado en el Hospital San Juan de Dios del Aljarafe por la eficiencia en la atención sanitaria que se ha visto refrendada por una alta resolución de casos sin aumentar los tiempos de atención ni las listas de espera, a pesar de las dificultades económicas.
Durante estos doce meses el hospital ha recibido hasta 9 donaciones de órganos, una actividad que ha sido posible gracias a la generosidad de los donantes y sus familias.

Por otro lado, 95.435 pacientes fueron atendidos en el servicio de Urgencias en 2013, con un tiempo medio de atención que se sitúa en los 46 minutos y con un menor número de ingresos por Urgencias. Con respecto al número de pacientes ingresados durante este periodo (8.901 pacientes) ha aumentado un 3,6% en relación al año anterior debido a un incremento de la actividad quirúrgica que no ha tenido reflejo, sin embargo, en la estancia media en planta de los pacientes que se sitúa en niveles inferiores a 2012, pasando de 5,6 a 5,2 días.

El área quirúrgica ha realizado una ingente actividad en 2013 lo que ha propiciado una buena gestión de las listas de espera. Destaca el incremento de un 3,5% con respecto a 2012 de las intervenciones programadas con ingreso, la disminución de aquellas intervenciones urgentes que precisan de ingreso hospitalario, un 2,7% menos que el año anterior y la alta resolución de las intervenciones de cirugía mayor ambulatoria (aquellas que no precisan de hospitalización) que suponen el 62,4% del total de intervenciones realizadas. Más de 100.000 pacientes fueron atendidos en primera consulta en las Consultas Externas del centro este año lo que supone un 8,3% más que en 2012 debido al aumento de la demanda desde Atención Primaria. Por último, se realizaron 183.581 pruebas radiológicas y 3.006.241 de pruebas de laboratorio, actividad que igualmente se ha incrementado con respecto al año anterior.

En este último año el Hospital San Juan de Dios del Aljarafe se ha caracterizado por la búsqueda de nuevas cotas de excelencia sanitaria, como ha quedado materializado en la obtención de distintas acreditaciones de calidad como la renovación de la Acreditación de Calidad de Nivel Avanzado de la Agencia de Calidad Sanitaria de Andalucía o la obtención del certificado Efr (Empresa Familiarmente Responsable) siendo el primer hospital andaluz en conseguir esta distinción a sus medidas de conciliación laboral y familiar.
Durante 2013 este centro hospitalario se ha situado como un hospital de Alta Resolución, con actividad asistencial de Acto Único en la atención a los pacientes, utilizando para ello sistemas de información avanzados, en los que la imagen diagnóstica es digital y navega por los Servicios Clínicos, del mismo modo que la información biológica que se comparte con los médicos de familia y permite hacer diagnósticos rápidos.
El Consorcio Sanitario Público del Aljarafe que acaba de cumplir sus primeros diez años de vida, es una fuerte apuesta de participación y responsabilidad, que promueve la cohesión del ciudadano, profesionales y otras organizaciones en la Gestión del Sistema de Salud, desde un alto rendimiento y eficiencia, exigibles a un hospital del Sistema Sanitario Público.